由于《菜根谭》采用了开放性的编纂形式，全书没有严密的逻辑联系，所以极大地方便了流传过程中不同刊刻者对其进行重编与补辑工作，现存版本多达二十余种，大致分为两个系统：一种不分卷，分为前、后两集，共362条；另一种分前、后两卷，又分为修省、应酬、评议、闲适、概论五个部分，共408条。现存明刻本属于前一系统，大部分清刻本属于后一系统。两个系统不仅在编排形式上差异显著，条目数量和内容亦相去甚远，仅有半数条目基本重合。总体来看，在两个版本系统中，《菜根谭》一书的性质并未发生变化，所要传达的思想也没有本质差别；前—系统的版本更接近原作面貌，后一系统相对来说更方便阅读，所以我们此次也采用后一系统中的刻本，即武进陶湘1927年序刻的《还初道人著书二种》之一的这本书的刻本。随着时代变迁，《菜根谭》中一些观念已经显得极其消极陈腐，没有多大意义，而且书中许多条目翻来覆去表达相似的思想内容，所以洪应明等从中精选264条，进行注释、翻译和点评，使之既能展示古代人的人生智慧，又贴近当代人的现实生活。