《南京佛教通史》全书共分三卷四册，逾250万字，上启六朝时期，下至明清民国，以时间先后为序，系统叙述了佛教在南京地区近两千年的发展历史。编写者鉴于佛教思想义理的发展变化与各个时代的政治经济条件和思想文化背景关系十分密切，在书中除了叙述佛教思想、宗派的发展脉络之外，对佛教与各个时代的王朝政治、佛教政策、社会经济和文化背景等进行了较全面、深入的揭示和论述。另外，由于佛教寺院和佛教文化艺术在南京佛教史上一直占有十分重要的地位，本书还按三个发展时期（即六朝、隋唐宋元和明清民国）分别列有专章，力求以较翔实的史料和更宽广的视野，多视角、多层面地再现南京佛教的全貌和发展历程。