《明清之际中西文化交流史：明季・趋同与辨异（套装上下册）》涵盖明末至南明七十余年间的历史，通过对五组矛盾现象的解析，解释文化交流的实质和特征。它们是，耶稣会内部有关“天”、“上帝”称谓的论争，明朝士大夫中掀起“南京教案”与编篡《崇祯历书》的分野，闽浙中下层士人拥戴或排拒基督教的斗争，基督教不同派别围绕中国礼仪之争了，辽东战争期间引进与阻止西洋大炮及炮师的对立。
    凡此表明，坚持反映文化互补性的和平与平等交往的原则，跟激化文化差异性而导致矛盾冲突的图谋，成为利玛窦时代以后，不同的政治势力和宗教派别斗争的焦点，也是贯穿这一时期基本的历史线索。