本研究的创新之处包括：（1）研究思路的创新：针对新型农村合作医疗补偿方案的特点和内容，将理论与实证相结合、宏观和微观相结合、整体把握和局部探讨相结合，构建了一个从补偿方案设计的理论探讨、不同统筹补偿方案的综合比较、损失分布研究和预测、补偿方案的综合评价到补偿方案调整优化的系统完整的逻辑思维框架。（2）研究视野的创新：首次将四种统筹模式和五种住院补偿方案类型分别进行了综合比较，找出了较理想的统筹模式和住院补偿方案类型，视野更为全面。（3）研究方法的创新：首次利用panel data模型分析不同统筹补偿方案对参合农民住院服务利用、费用和受益的影响；首次利用结构方程模型分析了参合农民住院费用的影响因素；首次利用损失分布法对新型农村合作医疗补偿方案进行设计和调整。