本书着眼于诠释，故因诠释对象的不同而在结构上分成六个部分：读《大学》、读《中庸》、读《论语》、读《孟子》、《思问录》、《正蒙注》。这与一般著作以问题为焦点在全书分章有所不同。然而，这样一来，各个部分的讨论中难免会有重合与交叉之处，使得同一个问题(如理气观)的讨论有时分布在不同地方，而没有集中呈现。从这一点来说，全书以问题分章就有它的好处。但事物难以两全其美，我们只能就其主要的方面来加取舍了。””其实，考虑到《读书说》和《思问录》、《正蒙注》著作时间有前期和后期的不同，分别处理亦有其好处。尤其是目前的船山研究通行全书以问题分章的结构方式，本书的结构则对那对于船山《读书说》、《思问录》、《正蒙注》有单独兴趣的读者比较便利。就《四书》而言，本书的工作集中在船山对于《四书》及《四书》的朱子学解释所做的义理诠释，突出诠释的焦点，因此与广义的《四书》学研究不同。最后，本书写作的方式，是比较详细地对文本进行解说，然后加以分析，这是由于船山的文字往往艰涩，不易理解，而有些研究著作往往含糊其辞，不能进入细致的分析，从而阻滞了船山研究的深入。希望这些文字的疏通不仅对初学者有所帮助，也对改变目前浅尝辄止的学风有所助益。