《儒藏》精华编所收书籍，包括传世文献和出土文献。传世文献按《四库全书总目》经史子集四部分类法分类，大类、小类基本参照《中国丛书综录》和《中国古籍善<儒藏（精华编119）>目》，于个别处略作调整。凡单书已收入入选的个人丛书或全集者，仅存目录，并注明互见。出土文献单列为一个部类，原件以古文字书写者一律收其释文文本。韩国、日本、越南儒学者用汉文写作的儒学著作，编为海外文献部类。