《温病合编》以素问热论为主，同时搜集王叔和、张景岳、吴又可喻嘉言等对温病病因、证治、顺逆的阐发，间参石氏褒贬，进行理论上的概述。卷一论风温、温热、温疫、温毒、暑温、秋燥、冬温、温疟大纲和温病察色、辨证方法及传变规律。卷二论温病病机、治则及遣方、用药等。卷三分表证、里证、五兼证、十夹证、遗证、妇人小儿、论药宜忌七篇，对头痛、目胀、发黄、烦躁、便血、呃逆等九十余症之表里、寒热、虚实、脉象、治法一一备述。卷四列论温毒治证及疫痧表里见证，强调温毒与温热的区别，对疫痧之源流、症状、顺逆、鉴别叙述尤详。末附类伤寒四证。